Etableringen af et tæt forældresamarbejde er en central del af indsatsen på Familieinstitutionen Topshøj. Forældrene er de primærvoksne, som kender eleven bedst, og de tilfører et fælles forløb værdifuld viden om familiens historie, den aktuelle situation og elevens drømme for fremtiden. Det tætte samarbejde gør det ligeledes muligt at arbejde helhedsorienteret med problemstillinger, som ikke kun har en effekt på eleven, men påvirker familiens samlede trivsel.
Forældresamarbejdet udvikler sig forskelligt, ligesom det kan forandres over tid.